El Congreso CIER es heredero del “Coloquio Hispano-Portugués de Estudios Rurales”, que posteriormente se denominó “Coloquio Ibérico de Estudios Rurales” (CIER), en el que la Asociación Española de Economía Agroalimentaria (AEEA) y la Sociedad Portuguesa de Estudios Rurales (SPER) han colaborado en la celebración de dichos encuentros con la intención de crear un espacio de encuentro y debate entre especialistas del medio rural. La primera edición se celebró en 1988 en Évora, Portugal, y desde entonces, se ha ido celebrando de forma alternativa en una ciudad de cada país.

En la octava edición (Cáceres, 2010), se sumó a la organización el grupo de Sociología Rural de la Federación Española de Sociología (FES), que desde 1995 ya no estaba en la Asociación Española de Economía Agraria (AEEA). En la décima (Palencia, 2014), se incorporaron también el Grupo de Sociología de la Alimentación de la FES, la Asociación de Geógrafos Españoles (AGE) y la Sociedad Española de Historia Agraria (SEHA).

Todas estas incorporaciones fueron afianzando el carácter multidisciplinar de los CIER en el campo de las ciencias sociales relacionadas con el medio rural.

En la decimoprimera edición (Vila Real, 2016) a raíz de la participación creciente de investigadores y actores del desarrollo rural procedentes del otro lado del Atlántico, se decidió dar un nuevo salto, incorporando a las numerosas asociaciones y expertos de los países de ambas regiones, y pasando a la actual denominación de Congreso Iberoamericano de Estudios Rurales, que mantiene el acrónimo y la serie histórica de ediciones. El primer Congreso bajo este nuevo ámbito de actuación se celebró en 2018 en Cuenca (XII CIER).